在分析这个问题前，首先要明确信托公司和PE投资基金在业务范围和性质方面的不同。
中国的信托公司在从事债权融资业务时，业务的交易对手主要是成熟的企业，往往具有较好的盈利能力和较为充足的现金流，还具有较为充足的抵质押物，信托公司获得的收益是按季或按年借款利息回报，一般不超过10%/年。
而PE投资基金主要从事股权投资业务，业务的交易对手主要是处于成长期中后阶段的企业，具有较好发展前景，但是往往还没有盈利，也没有太多的资产可以进行抵质押，PE投资基金获得的收益是未来企业股权的增值，尤其是如果完成IPO上市，可能会有数倍的回报可能，但是投资期可能在5年甚至更长。
两类公司不同的经营模式和目标，以及对企业生命周期不同阶段的定位，就形成了信托经理与PE投资经理在项目筛选和尽职调查方面的明显差异。
信托经理在进行项目筛选和尽调时，最看重的是借款人未来还本付息的能力，这个能力体现在两个还款来源上，我们称之为第一还款来源和第二还款来源。第一还款来源是借款人自身经营所创造的现金流和利润，这部分要能覆盖借款的本金和利息。第二还款来源是借款人所能提供的抵质押物，抵质押物未来变现的资金，要能覆盖借款本息。因此，信托经理会更加关心借款人的财务指标，比如资产负债率、流动比率、利息保障倍数等，同时也会关注这些财务指标的真实性，一方面要求借款人提供经审计的报表，另一方面也会通过税务数据、开票数据等对财务数据进行印证。对于抵质押物，信托经理则重点关注其权属、抵质押是否有瑕疵，未来变现是否存在问题。
PE投资经理在进行项目筛选和尽调时，重点关注所投资企业所处行业的成长性，以及企业在行业内市场份额的占有趋势，以及企业未来盈利的增长能力，以及并购和上市退出的可能性，对于企业目前的现金流状况和盈利状况并不是特别在意。因此，PE投资经理对于企业的评估使用的指标体系也与信托经理不尽相同，由于企业尚未盈利，传统用于股权价格评估的市盈率（P/E）指标无法应用，由于企业净资产一般也不是很大，传统的市净率（P/B）指标也无法应用，PE投资经理更多地看一些例如市销率（P/S，即股权价值比销售额）、用户数、活跃用户数等指标来评估投资价值。与信托经理更加关注借款人当期的财务数据不同，PE投资经理更加关注企业的未来财务数据增长情况，PE基金给企业的投资估值，都是基于企业未来（比如未来三年）的财务数据，主要是利润数据和未来的市盈率，这些数据是企业和PE投资经理共同预测的，由于在预测时会出现信息不对称，因为企业对自身的情况更为了解，为了获得投资的高估值往往有动力高估未来的利润增长，给PE投资机构带来风险，为了解决这个问题，PE投资经理在做这些预测时，一方面会参照对标企业的情况，即行业内发展阶段更为靠前的企业财务数据的变化趋势，有时也会通过对赌的方式对企业进行约束，如果企业将来未达到预测的财务数据，会设置要求企业大股东溢价回购股权等惩罚措施。